Organização
O IEA é constituído por sua sede em São Paulo (no Campus Butantã, na Cidade Universitária) e pelos Polos situados nos campi da USP em Ribeirão Preto e São Carlos, no interior do Estado.
Para atender às suas finalidades, o IEA tem estrutura acadêmica diferenciada das demais unidades e institutos da USP. O Instituto não ministra cursos de graduação nem conta com programas de pós-graduação, não possui quadro de pesquisadores permanentes e não possui laboratórios, uma vez que seus objetivos e a abrangência de seus debates interdisciplinares habilita-o à crítica teórica e à prospecção de questões científicas, não à execução de trabalhos experimentais.
A estrutura acadêmica é composta por pesquisadores com projetos individuais e por equipes de pesquisa com objetivos, formatos e atuações variados. Os projetos individuais sempre estão conectados aos temas de interesse do Instituto e em geral articulam-se com os projetos de outros pesquisadores e com as iniciativas das equipes de pesquisa.
As categorias que abrigam pesquisadores com projetos individuais são as dos professores visitantes, professores seniores, professores em ano sabático e pesquisadores colaboradores. Há também os pesquisadores com projetos de pós-doutorado, mas eles atuam no contexto das equipes de pesquisa.
As equipes de pesquisa estão organizadas em Grupos de Pesquisa, Grupos de Estudos, Cátedras, Convênios, Núcleos de Apoio à Pesquisa, Laboratórios, Centro de Síntese, Projeto de Síntese, Centro de Estudos, Núcleo de Pesquisa e Divulgação, Projetos Temáticos Fapesp e Projetos Especiais. Alguns desses agrupamentos, dada sua natureza estratégica para a ciência e para o país, são instituídos como Projetos Institucionais.
Pela natureza de suas atividades, o IEA desempenha papel significativo no incremento do intercâmbio científico e cultural entre a USP e instituições brasileiras e estrangeiras (universidades, organizações governamentais e não-governamentais, entidades científicas e culturais etc.). Isso se dá através de convênios de cooperação e intercâmbio acadêmico ou convites específicos a pesquisadores e intelectuais, brasileiros e estrangeiros, com trabalhos representativos e enriquecedores dos debates realizados no Instituto.
As propostas para integrar o IEA como pesquisador individual ou para a criação de uma equipe de pesquisa devem ser submetidas ao Conselho Deliberativo, que analisará a confluência do objetivo do projeto com a agenda temática do Instituto e o grau de capacitação e execução do(s) proponente(s).
A participação nas atividades das equipes de pesquisa é aberta a pesquisadores e profissionais com projetos relacionados com as questões de interesse do IEA. A análise dessa correlação temática é feita pelos coordenadores das equipes de pesquisa. Podem participar brasileiros e estrangeiros, integrantes ou não da USP, portadores ou não de título acadêmico.